O Curso de Farmácia da FAEF pretende formar o profissional farmacêutico, com formação generalista, centrada nos fármacos, medicamentos e assistência farmacêutica, e de forma integrada às análises clínicas e toxicológicas, cosméticos e alimentos, para atuar como profissional da área da saúde, considerando seus aspectos políticos, econômicos, sociais, ambientais e culturais, com visão ética e humanística, visando a atender às demandas da sociedade local e regional, de acordo com as expectativas do setor da saúde, nos diversos níveis de complexidade, bem como as novas demandas apresentadas pelo mundo do trabalho, em prol do cuidado à saúde do indivíduo, da família e da comunidade. 

São mais de 135 atividades diferentes que o farmacêutico pode exercer, de acordo com o Conselho Federal de Farmácia (CFF), as especialidades farmacêuticas estão agrupadas nas linhas de atuação: medicamentos; alimentos; análises clínico-laboratoriais; educação; farmácia; farmácia hospitalar e clínica; farmácia industrial; gestão; práticas integrativas e complementares; saúde pública e toxicologia.

Assim o farmacêutico pode por exemplo, desenvolver, produzir, manipular e selecionar medicamentos, pesquisar e controlar a qualidade, assumir a responsabilidade técnica em farmácias, drogarias, indústrias, distribuidoras, hospitais e laboratórios de análises clínicas e toxicológicas, indústria alimentícia, outros produtos para saúde, cosméticos, atividade estética, atuar como professor ou pesquisador em universidades, agricultura, prevenção de pragas, órgãos públicos, unidades de saúde e de fiscalização são algumas das opções de áreas onde o farmacêutico pode trabalhar.